Patrick Desjardins est entré en service en 1971. Il fait parti de la promotion 1978 « Colonel Geille » de l’Ecole militaire de l’Air.

Au cours du premier semestre 1999, il a été auditeur de la 92° session du collège de défense de l’OTAN à Rome.

A l’été 1999, il a rejoint la chaîne relations internationales de l’État-major des Armées au sein de la division Euratlantique, chargé de dossiers relatifs à la construction de l'Europe de la défense (capacités militaires, structures politico-militaires, processus de gestion de crises). Il a participé aux travaux de la présidence française de l'Union européenne et de l'Union de l’Europe occidentale à l'été 2000.

Le 9 septembre 2001, Patrick Desjardins a été nommé pour trois années à Bruxelles comme Attaché de défense auprès des ambassades de France en Belgique et au Luxembourg.

De 2006 à 2008, il a commandé les forces de protection et de sécurité de l’Armée de l’Air ainsi que les unités commandos parachutistes air engagées sur les théâtres d’opérations en Asie et en Afrique.

Depuis 2008, Patrick Desjardins est responsable des relations internationales de l’Armée de l’Air, chargé d’animer la coopération bilatérale et multilatérale ainsi que des missions de soutien à l’export de certains matériels et équipements de défense.