Aurélia Bouchez débute sa carrière en tant qu’Administrative de la Ville de Paris de 1982 à 1984, avant d’être nommée Adjointe au Directeur des Relations internationales de la Ville de Paris de 1984 à 1989.

En 1989, elle rejoint la Direction Europe du Ministère des Affaires étrangères où elle occupe le poste de Rédacteur en charge des relations inter-allemandes jusqu’en 1993. Elle sera ensuite successivement Conseiller politique à la Représentation permanente de la France auprès de l’Organisation du Traité de l’Atlantique Nord à Bruxelles (1993-1995), Secrétaire général adjoint de la mission pour l’organisation du G7/G8 de Lyon (1996-1998), puis, chargée de mission auprès du Directeur des Nations Unies et organisations internationales (1996-1998).

En 1998, elle est nommée Secrétaire générale adjointe à la mission interministérielle pour le 50ème anniversaire de la Déclaration universelle des droits de l’Homme des Nations Unies, poste qu’elle quittera l’année suivante pour l’Ambassade de France à Moscou en tant que Conseiller politique.

C’est en 2003 qu’elle revient au Ministère des Affaires étrangères en tant que Sous-Directrice de l’Europe Centrale, à la Direction de la Coopération Européenne. Elle est ensuite nommée en 2005 Sous-Directrice de l’Europe orientale à la Direction de l’Europe continentale, Conseiller des Affaires étrangères hors classe.

En 2007, Aurélia Bouchez est détachée par le Ministère des Affaires Etrangères auprès du Secrétariat International de l’OTAN comme Secrétaire Général Adjoint Délégué aux Affaires Politiques et Politique de Sécurité.